秸稈有機肥發酵方式主要有兩種
1、普通堆肥法
①選擇場地。選擇距水源較近，運輸方便的地方，堆肥體積大小視場地和材料多少而定。
把地面捶實，然后于底部鋪上一層干細土，再在上面鋪一層未切碎的作物稈作為通氣床（厚約26厘米）。
②處理秸桿。在床上分層堆積秸桿等有機物材料，每層厚約20厘米，并逐層
澆入人糞尿（下少上多），為保證堆內通氣，在堆料前按一定距離垂直插入木棍，使下面與地面接觸，堆完后拔去木棍，余下的孔道作為通氣孔。
③堆肥材料比例。秸桿、人畜糞尿和細土配比為3：2：5，配料時加入2—5%的鈣鎂磷肥混合堆漚，可減少磷素固定，使鈣鎂磷肥肥效明顯提高。
④調節水分。一般以手握材料有液滴出為宜，在堆肥四周挖深30厘米、寬30厘米左右的溝，把土培于四周，防止糞液流失。
⑤泥巴封堆。用泥封堆3厘米左右，當堆體逐漸下陷，堆內溫度慢慢下降時，進行翻堆，把邊緣腐熟
不好的材料與內部的材料混合均勻，重新堆起，如發現材料有白色菌絲體出現，要適量加水，然后重新用泥封好，待達到半腐熟時壓緊密封待用。
⑥堆肥腐熟的標志。完全腐熟時作物秸桿的顏色為黑褐色至深褐色，秸桿很軟
或混成一團，植株殘體不明顯，用手抓握堆肥擠出汁液，濾出后無色有臭味。
2、添加秸稈發酵劑堆肥法
①選擇場地。選擇距水源較近，運輸方便的地方，堆肥體積大小視場地和材料多少而定。
如果選擇平地，要在四周壘出30厘米高的土埂，以防跑水。
秸稈發酵劑和尿素混合物的用量自下而上為4：4：2。堆寬一般要求為1.6—2米，堆高1.0—1.6米，長度以材料多少和場地大小而定，堆好后用泥（或薄膜）封嚴。20—25天即可腐爛使用，而且質量好，有效養分含量高。
③用料及配比。按1噸秸桿配1公斤秸稈發酵劑、再配施5公斤尿素（或200—300公斤腐熟的人糞尿），以滿足微生物發酵所需的氮素，合理調整碳氮比。
④調節水分。堆制前將秸桿用浸透，干秸桿與水的比例一般為1：1.8,使秸桿的含水量達到60%—70%，一般以手握材料有液滴出為宜，這是堆肥成敗的關鍵。
⑤泥巴封堆。用泥封堆3厘米左右，當堆體逐漸下陷，堆內溫度慢慢下降時，進行翻堆，把邊緣腐熟不好的材料與內部的材料
均勻混合，重新堆起，保持含水量，然后重新用泥封好，待到半腐熟時壓緊密封待用。
⑥腐熟標志。完全腐熟時作物秸桿的顏色為黑褐色至深褐色，秸桿很軟或
混成一團，植株殘體不明顯，用手抓握堆肥擠出汁液，濾出后無色有臭味。
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