堆肥發酵過程較為簡單，一共分為兩個階段，即前期主發酵階段和后發酵階段。

　　1、主發酵階段（一次發酵）

　　主發酵階段可在露天或發酵裝置內進行，通過翻推或強制通風向堆積層或發酵裝置內供給氧氣。在露天堆肥或發酵裝置內堆肥時，由于原料和土壤中存在的微生物作用而開始發酵。

　　首先是易分解物質分解，產生C02和H20，同時產生熱量，使堆溫上升，這些微生物吸取有機物的碳氮營養成分。在細菌自身繁殖的同時，將細胞中吸收的物質分解而產生熱量。

　　發酵初期物質的分解發酵作用是靠中溫菌(30～40℃是為最適宜生長溫度)進行的，隨著堆溫上升，最適宜溫度45～65℃的高溫菌取代了中溫菌。在此溫度下，各種病原菌均可被殺死。一般將溫度升高到開始降低為止的階段稱為主發酵階段，以生活垃圾為主體的城市垃圾及家畜糞尿好氧堆肥，主發酵期約為3～10天。

　　2、后發酵階段（二次發酵）

　　經過主發酵的半成品被送到后發酵工序，將主發酵工序尚未分解的易分解有機物和較難分解的有機物進一步分解，使之變成腐殖酸、氨基酸等比較穩定的有機物，得到完全成熟的堆肥制品。一般把物料堆積到1～2m高，進行后發酵，并要有防止雨水流入的裝置。有的場合還需要翻堆和通風，通常不進行通風，而是每周進行一次翻堆。

　　發酵時間的長短，決定于堆肥的使用情況。例如，堆肥用于溫床(能夠利用堆肥的分解熱)時，可在主發酵后直接使用；對幾個月不種作物的土地，大部分可以不進行后發酵而直接施用堆肥。
　　對一直在種作物的土地，則需要使堆肥進行到不能發生奪取土壤氮的程度，后發酵時間通常在20～30天以上。
　　在此，推薦大家使用人元生物公司生產的“有機肥發酵劑”，在使用發酵劑的情況下，可以使堆肥發酵周期大大縮短，一般24小時內即可達到理想的發酵溫度（60-70℃），10-20天即可發酵完成，發酵效率提高了3倍，在提高發酵效率的同時還降低了發酵成本，適合堆肥發酵批量循環作業。